Биологическое загрязнение, внедрение в экологические системы и распространение нехарактерных видов живых организмов, которые приводят к неугодным видоизменениям или вызывают массовые заболевания растений, животных или человека. Самыми опасными биологическими загрязнителями для человека или сельскохозяйственных животных представляют патогенные микроорганизмы. В этом случае биологического загрязнения происходит, если в атмосферу, почву, воду или продукты питания попадают необеззараженные сельскохозяйственные или бытовые стоки, содержащие органические вещества. Такое биологическое загрязнение может стать причиной опасных эпидемий. Источником биологического загрязнения могут быть зараженные сельскохозяйственные животные, поэтому их захоронение осуществляют в глубоких скотомогильниках или перерабатывают на специальных предприятиях. При высоких температурах болезнетворные микроорганизмы погибают, а из животной массы получают жир, используемый для создания мыла и в кожевенной индустрии, а также кормовые добавки. Биологическими загрязнителями в лесных экосистемах также могут стать адвентивные виды или интродуценты. Напр., проникновение возбудителя голландской болезни вяза (Graphium ulmi) в вязовые леса Руси привело к фактически полному их исчезновению. Классическим примером биологического загрязнения, когда биологическими загрязнителями становятся адвентивные (заносные) животные, представляет натурализация кролика в Австралии и ее последствия. В течение второй половины XX в. в результате интродукции, проводимой в лесном хозяйстве, в пойменные леса рек бассейнов Волги и Урала стал энергично внедряться клен ясенелистный (Acer negundo). Во многих регионах европейской части Руси лесные опушки и поляны интенсивно заселяет борщевик Сосновского (Heracleum sosnowskyi), хотя изначально это растение было завезено из Кавказа для внедрения в сельскохозяйственное создание. Интродукция люпина многолистного, проводимая для возвышения продуктивности сельскохозяйственных земель, привела к его безбрежному распространению и снижению видового разнообразия естественных сообществ. Ощутимый ущерб лесному хозяйству наносят такие биологические загрязнители, как инвазионные виды насекомых-фитофагов. В искусственных экосистемах (напр. в агробиоценозах) биологическими загрязнителями могут стать рудеральные растения.